File:Pollen diagram of Berelekh 2, Indigirka.svg
Original file (SVG file, nominally 1,491 × 578 pixels, file size: 91 KB)
Captions
Captions
Summary
[edit]
| Description |
English: Pollen diagram of glacial time of Berelekh 2 site, located at Indigirka river, near northern coast of Russia. |
| Date | |
| Source | Own work |
| Author | Merikanto |
Data for this script is from European Pollen Database EPD sitecode BER2IND
With spreadsheet processed data is
PALE_1;Poaceae;Betula;Alnus;Bryales;Cyperaceae;Artemisia;Sphagnum;Salix;Asteraceae_undiff;Caryophyllaceae;Pinus_subg_Strobus;Ericaceae;Polypodiophyta;Unknown;Fabaceae;Others
31542;62;47;47;27;30;18;6;5;5;15;4;3;3;17;1;24
31237;48;35;181;29;11;14;9;6;2;13;14;6;2;5;4;10
30932;117;33;30;23;45;6;6;4;4;11;7;3;2;0;2;14
30703;67;125;63;9;7;16;5;20;6;7;2;3;1;1;0;16
30475;83;96;90;8;10;15;5;11;8;7;2;3;0;0;0;21
30246;89;57;46;6;14;20;0;5;6;5;2;0;2;0;0;10
29636;82;55;37;11;21;20;12;0;9;0;8;0;2;6;1;19
29331;57;123;62;17;14;9;10;6;11;12;6;2;2;0;0;13
29026;72;59;28;39;30;2;5;8;5;6;0;2;6;1;0;18
28873;117;57;45;29;15;13;3;13;9;8;1;5;1;1;1;10
28111;123;68;35;46;17;19;7;6;9;0;1;3;1;0;0;22
27653;173;53;36;14;8;20;7;8;13;4;1;4;1;0;0;13
27348;87;56;93;23;6;31;7;6;3;10;4;3;1;1;13;15
27196;34;44;53;21;3;57;7;8;7;2;10;3;1;0;8;9
26586;93;66;31;31;16;13;5;6;3;5;1;0;1;0;1;12
25976;114;60;50;42;16;13;3;6;5;3;2;2;1;0;0;16
25671;103;23;32;28;11;60;3;4;9;7;0;1;2;0;2;16
25213;60;27;29;53;8;9;2;5;7;2;0;2;3;0;0;13
24527;50;30;19;97;12;2;4;6;1;0;0;0;6;0;0;8
24222;102;33;43;71;15;20;6;7;4;3;2;0;3;1;0;10
23460;94;70;31;60;21;7;3;12;2;3;4;2;2;0;0;13
22545;124;60;29;64;17;9;2;7;4;2;1;1;1;2;0;10
21782;77;76;55;61;8;5;12;9;2;3;4;3;4;0;0;8
20410;84;85;46;68;16;4;7;10;3;8;3;1;1;1;0;5
19952;72;73;40;94;26;4;8;7;11;6;1;3;2;7;0;12
19495;101;24;11;55;12;7;4;4;2;11;2;0;7;4;0;16
18580;71;42;15;33;11;17;7;6;7;10;3;0;3;3;0;10
17817;77;47;28;61;2;4;0;5;0;2;0;1;4;4;0;13
17055;20;27;16;63;4;4;15;5;5;2;7;3;7;0;4;9
16292;13;43;46;63;13;0;41;0;14;2;10;1;1;1;0;18
15530;32;94;100;40;7;0;27;8;9;5;3;6;8;5;3;15
14767;32;59;50;70;4;0;11;4;0;0;1;3;6;13;4;16
14005;32;91;64;17;6;0;19;4;9;2;11;4;7;0;16;11
12480;14;73;69;11;2;0;39;3;3;4;6;6;9;6;4;22
11298;14;72;55;17;3;0;24;2;0;3;10;3;6;17;19;18
10188;14;133;106;0;0;0;24;6;1;1;1;22;0;4;0;4
9468;11;83;105;28;2;15;12;3;1;2;1;25;1;0;0;7
Python 2.7 code to render image is
- python pollen diagram
- tets program
- input ; separated csv
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.patches as mpatches
- pypol 1 python csw pollen percentage drawer
- version wip 0004
- print size
basefontsize=80
xsiz=240
ysiz=60
- time, x axis
alkut=8000
lopput=32000
tstep=2000
kaptioni="Berelekh 2 Indigirka lowland, Northern Siberia \n pollen diagram, 15 plants"
xlaabeli= 'Age BP, PALE 1 timescale'
ylaabeli='Pollen percent \n '
- infiili_2="zagoskin.txt"
- infiili_2="berelekh2.csv"
infiili_2="berelekh.csv"
colorado=['#00005f',
'#004000',
'#008000',
'#377EB8',
'#F00000',
'#FF7F00',
'#7F7F00',
'#008000',
'#00F000',
'#FFFF00',
'#FFFF80',
'#800000',
'#8000F0',
'#F00000',
'#FF7F00',
'#7F7F00',
'#008000',
]
- pollen data
indata_2 = np.genfromtxt(infiili_2, delimiter=';', dtype=None)
muoto_2=np.shape(indata_2)
rowis_2=muoto_2[0]
colis_2=muoto_2[1]
data_2=np.zeros((rowis_2, colis_2))
for i in xrange(1,rowis_2):
for j in xrange(0,colis_2):
data_2[i-1][j]=np.float(indata_2[i][j])
rowis_2=rowis_2-1
pdata_2=data_2.transpose()
pdata_2[0][rowis_2]=pdata_2[0][rowis_2-1]
pdata_2[1][rowis_2]=pdata_2[1][rowis_2-1]
takki=[]
plants2=[]
varjy=[]
for i in xrange(1,colis_2):
takki.append(pdata_2[i])
plants2.append(indata_2[0][i])
varjy.append(mpatches.Patch(color=colorado[i-1]) )
- plottingi
fig = plt.figure()
ax2=plt.subplot()
x = pdata_2[0]
y = np.row_stack(( takki) )
percent = y / y.sum(axis=0).astype(float) * 100
ax2.stackplot(x,percent, colors=colorado, edgecolors=['#377EB8'], linewidth=0)
ax2.set_ylim([0, 100])
ax2.set_xlim([alkut, lopput])
- Shrink current axis's height by 10% on the bottom
box = ax2.get_position()
ax2.set_position([box.x0, box.y0, box.width * 0.80, box.height])
ax2.legend( varjy, plants2,loc='center left', bbox_to_anchor=(1.05, 0.5), fontsize=16)
for label in (ax2.get_xticklabels() + ax2.get_yticklabels()):
label.set_fontname('Arial')
label.set_fontsize(15)
ax2.set_xlabel(xlaabeli, fontsize=15)
plt.title(kaptioni, fontsize=18)
ax2.set_ylabel(ylaabeli , color='#004000', fontsize=15)
for tl in ax2.get_yticklabels():
tl.set_color('#004000')
start, end = ax2.get_xlim()
ax2.xaxis.set_ticks(np.arange(start, end, tstep))
ax2.xaxis.set_tick_params(width=4)
ax2.yaxis.set_tick_params(width=4)
plt.gca().invert_xaxis()
plt.show()
plt.draw()
- plt.get_current_fig_manager().window.setGeometry(600,400,1000,800)
plt.get_current_fig_manager().window.showMaximized()
fig.set_size_inches(21, 6)
fig.savefig('out.svg', dpi=80)
In ubuntu you must install
pip, matplotlib, numpy and python-tk.
Licensing
[edit]
- You are free:
- to share – to copy, distribute and transmit the work
- to remix – to adapt the work
- Under the following conditions:
- attribution – You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.
- share alike – If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same or compatible license as the original.
Template:Ice age pollen diagrams
File history
Click on a date/time to view the file as it appeared at that time.
| Date/Time | Thumbnail | Dimensions | User | Comment | |
|---|---|---|---|---|---|
| current | 17:44, 31 January 2017 | | 1,491 × 578 (91 KB) | Merikanto (talk | contribs) | User created page with UploadWizard |
You cannot overwrite this file.
File usage on Commons
There are no pages that use this file.
