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A construção da igreja do Carmo remonta ao ano de 1389, impulsionada pelo desejo e devoção religiosa do seu fundador, o Condestável do Reino, D. Nuno Álvares Pereira. Construída sobre a colina fronteira ao castelo de S. Jorge, pela sua grandeza e monumentalidade, rivalizava com a Sé de Lisboa e com o Convento de S. Francisco da mesma cidade. Desde cedo este espaço religioso foi considerado emblemático da urbe lisboeta e da própria identidade nacional, pelo facto de lhe estar associado o nome de um dos mais famosos heróis portugueses da Idade Média. Ao ter escolhido a igreja do Carmo para sua sepultura, Nuno Álvares Pereira marcou, de forma decisiva, toda a história do monumento gótico.

A igreja e o convento receberam vários acrescentos e alterações ao longo dos tempos, adaptando-se a novos gostos e estilos arquitectónicos e decorativos, transformando-se numa das construções mais ricas e poderosas de Lisboa. Em 1755, o terramoto, que abalou com violência a cidade, provocou graves danos no edifício, agravados pelo subsequente incêndio que destruiu quase totalmente o seu recheio. No ano de 1756 iniciou-se a sua reconstrução, já em estilo neogótico, interrompida definitivamente em 1834, devido à extinção das Ordens Religiosas em Portugal. Desse período de reconstrução datam os pilares e os arcos das naves, que são um verdadeiro testemunho de arquitectura neogótica experimental, de cariz cenográfico. Em meados do século XIX, imperando o gosto romântico pelas ruínas e pelos antigos monumentos medievais, optou-se por não continuar a reconstrução do edifício, deixando o corpo das naves da igreja a céu aberto. É assim criado um mágico cenário de ruína, que tanto agradava aos estetas oitocentistas e que ainda hoje encanta os nossos contemporâneos. As ruínas do Carmo transformaram-se, assim, num memorial do terramoto de 1755.

O Museu Arqueológico do Carmo, aqui instalado, foi fundado em 1864 pelo primeiro presidente da Associação dos Arqueólogos Portugueses, Joaquim Possidónio Narciso da Silva (1806-1896). Foi o primeiro museu de Arte e Arqueologia do país, e nasceu dos objectivos de salvaguarda do património nacional que se ia delapidando e deteriorando, em consequência da extinção das Ordens Religiosas e dos inúmeros estragos infligidos durante as Invasões Francesas e as Guerras Liberais.

Nos primeiros anos de existência, reuniu um espólio constituído por inúmeros fragmentos de arquitectura e escultura, bem como monumentos funerários de grande relevo escultórico, painéis de azulejo, pedras de armas, e outros tantos objectos de interesse histórico-artístico e arqueológico. Nos finais do século XIX e no terceiro quartel do século XX, deram entrada no Museu importantes colecções de arte e arqueologia de diferentes proveniências, entre as quais se destacam a colecção de epigrafia romana, a colecção de cerâmicas e múmias précolombianas e o acervo originário da escavação do Castro de Vila Nova de S. Pedro, na Azambuja (Calcolítico c.3500 a.C), contando actualmente com cerca de mil artefactos em exposição permanente.