File:Meerfelder Maar late glacial pollen diagram ca 14600-10500.svg

Camera location	50° 06′ 00″ N, 6° 45′ 00″ E	View this and other nearby images on: OpenStreetMap	50.100000; 6.750000

Source of this data is European pollen database, site MFM6T

Litt, Thomas (2010): Pollen profile MFM6T, Meerfelder Maar, Germany. European Pollen Database (EPD), doi:10.1594/PANGAEA.739535

https://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.739535

Complete name : Meerfelder Maar Acronym : MFM6T Country : Germany

Source of the data : Litt Thomas Latitude : 50°6'0" N Longitude : 6°45'0" E Elevation : 336m

http://www.europeanpollendatabase.net/fpd-epd/showData.do?sigle=MFM6T

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Processed data to draw this diagram Age_BP;Corylus;Betula;Pinus;Juniperus;Salix;Cyperaceae;Gramineae;Artemisia;Helianthemum;Thalictrum;Filicopsida monolete;Compositae s. Asteroideae;Filipendula;Pediastrum;Potamogeton;Others 10583;395;92;100;0;4;3;12;0;0;1;23;0;5;2;1;23.0 10633;300;177;164;0;10;6;12;3;0;0;16;0;10;0;0;24.0 10684;246;300;116;0;3;4;11;7;0;0;14;0;4;1;0;16.0 10725;207;253;123;0;5;4;12;3;0;0;23;0;2;2;0;26.0 10767;129;272;158;0;2;3;31;4;0;0;6;0;3;1;0;30.0 10815;65;300;192;0;3;7;34;6;0;0;4;0;8;0;0;19.0 10852;38;300;202;1;4;7;36;8;0;0;11;0;8;2;0;20.0 10884;53;300;205;0;7;5;26;0;0;0;14;1;4;2;0;39.0 10922;11;300;169;0;8;5;28;5;0;0;4;1;10;1;3;25.0 10957;19;300;254;0;23;11;19;8;0;0;12;0;7;3;0;23.0 10988;2;350;253;4;24;5;26;4;0;1;13;2;5;7;3;24.0 11020;3;300;255;3;20;6;34;3;1;1;23;0;15;5;0;28.0 11050;0;199;300;1;10;11;31;5;0;0;37;1;9;4;3;34.0 11080;0;300;204;0;13;7;44;3;0;0;16;0;7;2;0;32.0 11110;0;377;138;1;24;4;32;9;0;0;7;0;7;1;3;24.0 11145;1;386;150;0;6;9;32;5;0;1;11;0;4;4;0;26.0 11180;0;300;217;0;22;12;48;6;0;1;20;2;5;17;5;31.0 11210;1;215;240;1;33;9;61;6;0;0;16;0;7;15;7;30.0 11240;1;225;267;1;11;18;38;5;0;2;7;0;5;11;2;33.0 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13850;0;190;5;16;160;11;111;97;7;21;0;6;0;80;4;58.0 13870;0;151;9;44;150;30;128;96;2;21;1;5;1;55;3;52.0 13885;0;173;4;47;166;27;102;73;3;20;1;6;0;91;2;41.0 13890;0;153;9;34;206;33;127;131;0;38;0;7;2;86;2;62.0 13900;0;78;3;49;150;11;164;94;5;15;0;9;2;13;1;71.0 13910;0;143;5;42;121;31;129;101;5;14;1;6;2;61;1;34.0 13930;0;206;5;72;197;24;126;88;12;19;0;8;1;26;1;69.0 13940;0;111;8;42;122;36;172;93;8;20;0;7;0;30;0;78.0 13960;0;110;6;42;98;23;155;115;1;20;1;6;0;21;0;55.0 13970;1;63;4;42;118;27;165;100;6;21;0;8;0;25;2;50.0 13990;0;105;6;60;150;37;133;83;2;16;0;5;0;16;5;44.0 14000;0;93;3;29;106;29;200;114;12;28;0;6;2;16;2;58.0 14020;0;70;1;10;74;31;132;172;2;28;0;4;1;6;0;77.0 14028;0;60;14;68;110;23;202;115;2;20;0;6;1;9;5;72.0 14038;1;85;3;58;92;31;225;95;10;22;0;6;1;15;5;71.0 14048;0;71;10;28;65;38;175;98;3;17;1;8;2;7;2;53.0 14058;1;79;10;47;89;45;232;102;3;10;0;6;1;1;0;71.0 14068;0;81;7;65;98;46;300;77;6;15;0;3;0;7;3;86.0 14078;0;74;5;38;117;32;224;94;5;16;0;9;0;17;5;102.0 14088;2;120;6;88;99;26;180;70;4;22;0;7;0;34;5;92.0 14098;0;95;6;40;140;43;162;88;2;7;0;14;2;39;3;97.0 14108;0;37;9;40;58;29;253;47;13;27;2;15;0;52;0;80.0 14118;1;36;7;41;57;40;300;41;7;32;0;14;1;40;10;99.0 14128;1;57;7;23;50;39;253;38;10;29;0;14;0;57;4;118.0 14138;1;57;4;49;31;45;248;46;6;28;3;8;0;56;11;105.0 14148;0;68;9;35;39;56;250;39;9;37;0;15;1;94;14;108.0 14158;0;42;6;42;32;45;300;52;9;19;0;14;1;44;18;120.0 14168;0;73;4;23;33;38;300;32;13;17;0;6;0;61;2;94.0 14178;1;114;10;55;54;61;217;31;18;22;0;4;0;192;3;78.0 14188;0;83;15;46;64;64;259;41;13;43;1;2;1;341;9;104.0 14198;0;76;8;3;32;38;251;35;12;20;0;15;0;130;5;92.0 14208;0;56;7;29;28;46;300;17;3;6;0;16;0;62;3;95.0 14218;1;59;13;34;35;49;282;27;7;6;0;10;0;78;2;101.0 14228;1;63;9;23;50;56;300;23;5;10;0;18;0;67;5;88.0 14238;1;44;9;11;39;59;250;26;3;7;0;21;0;66;4;109.0 14248;0;42;7;14;36;54;267;27;9;7;0;36;0;41;0;96.0 14258;0;36;3;23;26;57;300;20;2;8;1;11;0;133;6;91.0 14268;1;61;10;24;53;57;300;58;15;13;1;10;2;123;9;80.0 14278;1;66;5;18;28;39;300;27;14;16;0;4;1;165;2;64.0 14288;0;70;8;28;32;59;300;30;21;6;0;9;0;146;9;57.0 14298;0;65;6;10;30;36;318;25;20;7;0;9;2;116;19;68.0 14308;0;64;23;14;57;62;300;18;4;7;0;8;0;254;13;65.0 14343;0;90;10;8;42;36;300;38;23;12;0;6;0;148;5;67.0 14353;0;107;13;11;28;30;295;68;11;7;0;7;0;74;12;81.0 14363;0;61;9;10;11;46;320;36;8;6;2;11;1;9;10;51.0 14373;0;84;14;3;17;37;285;38;10;8;1;7;0;9;11;54.0 14383;0;59;19;18;12;51;300;38;12;8;1;12;0;5;24;81.0 14393;0;53;12;7;8;36;350;32;23;4;1;8;0;2;6;63.0 14403;0;42;34;12;14;77;250;28;30;4;0;7;1;13;11;64.0 14413;0;82;24;8;11;64;300;14;11;7;2;15;0;5;6;59.0 14422;1;29;31;5;10;53;280;56;19;8;0;17;0;12;0;61.0 14428;0;56;40;11;10;78;300;28;21;3;0;3;0;1;1;68.0 14434;1;46;38;0;5;64;300;28;21;3;1;8;1;4;0;60.0 14440;0;39;44;1;7;87;223;17;5;6;3;3;0;8;0;39.0 14446;1;15;11;0;4;23;187;31;11;1;1;1;0;2;0;21.0 14464;0;10;23;0;4;35;95;15;4;2;0;0;0;4;0;44.0 14482;7;34;73;0;1;82;224;39;19;5;0;4;0;3;0;72.0 14488;0;29;41;1;3;83;284;28;14;5;0;10;0;4;0;57.0 14500;2;31;41;1;3;68;208;41;20;11;3;12;0;3;0;57.0 14506;2;18;40;0;6;92;259;32;31;5;1;6;0;2;0;46.0 14512;5;30;34;0;6;110;239;39;30;7;3;5;0;8;0;54.0 14518;0;30;50;2;9;83;210;66;35;10;1;9;0;5;0;56.0 14524;4;27;45;1;7;80;246;54;36;5;0;9;0;2;0;52.0 14530;9;23;43;0;5;55;195;54;47;2;0;12;0;6;0;64.0 14536;1;26;43;1;4;60;260;32;23;4;2;4;0;2;0;67.0 14542;1;20;45;0;5;54;157;17;19;1;2;3;0;6;0;50.0 14548;1;15;62;1;10;102;215;21;27;1;1;3;0;4;0;49.0 14560;10;17;18;1;4;54;171;20;22;7;1;7;1;8;0;48.0 14566;5;29;42;2;6;76;246;34;18;4;0;4;1;4;0;57.0 14572;3;32;61;0;12;113;194;35;17;6;0;9;0;13;0;59.0 14578;1;18;45;1;2;80;220;38;33;2;0;3;0;3;0;49.0 14584;3;27;41;4;5;69;252;50;31;2;2;7;0;7;0;72.0 14590;0;27;70;0;10;76;234;26;25;5;1;3;0;3;0;63.0 14596;3;10;67;1;11;87;178;23;22;6;0;6;0;4;0;55.0 14602;2;15;55;0;9;69;178;22;14;2;0;5;0;5;1;56.0 14608;1;10;85;1;5;59;163;13;17;3;2;12;0;14;0;61.0 14614;2;15;98;0;5;90;196;35;26;12;2;14;2;9;0;76.0 14620;2;14;78;0;2;111;222;17;58;4;6;6;2;10;0;43.0 14626;3;11;61;0;3;83;163;15;30;3;1;4;2;6;0;53.0 14632;1;16;80;1;4;77;232;15;20;5;5;5;1;13;0;64.0 14638;1;24;70;0;5;88;246;39;20;9;0;4;0;3;0;47.0 14644;3;23;72;0;7;150;250;48;16;9;0;4;0;12;0;51.0 14650;0;11;51;2;5;146;232;39;20;4;1;7;0;10;0;50.0

Python code to draw this diagram run code with python pollen1.py -i meerfelder_maar.csv -c Meerfelder_Maar -p maar_pal.txt -tb 9500 -te 14700 -ts 500

Palette:

palette

Code:

'#8F8F00','#ffff00',
'#804000','#FF8080', '#8000F0',
'red', 'orange','yellow','#7777ff',
'blue', 'violet', 'grey', 'darkred',
'#00007F','#336633','#008000','#00F000', 
'#FFFF00','#FFFF80','#800000', '#8000F0',
'red', 'orange','yellow','green',
'blue', 'violet', 'grey', 'darkred']

global pallette
global automatik


captionfontsize=22
xlabelfontsize=16
ylabelfontsize=16
tickfontsize=15

# color palette, only 15 items

colorado=pallette
print(colorado)
print (type(colorado[2]))
#quit(-1)

pitu=len(yorig[0])
mara=len(yorig)

summat=[]

for j in range(0,pitu):
   summa=0
   for i in range(0,mara):
       summa=summa+yorig[i][j]
   summat.append(summa)

prosentit=[]

for i in range(0,mara):
   for j in range(0,pitu):
       luku=yorig[i][j]
       prosentti=(luku*100)/summat[j]
       #print j, luku, prosentti
       prosentit.append(prosentti)
   #prosentit.append(105)

prosentit2=np.reshape(prosentit, (mara, -1)) 

y=[]

for i in range(0,mara):
  #y.append(yorig[i])
  y.append(prosentit2[i])

varjy=[]
legs2=[]

for i in range(0,len(legs)):
    varjy.append(mpatches.Patch(color=colorado[i]) )
    legs2.append(legs[i])

uusix=np.linspace(x[0],x[len(x)-1],500);

#for i in range(0,1):
#    print(y[i])

moky=[]

for i in range(0,mara):
    spl = pchip(x, y[i])
    #g_init = models.Gaussian1D(amplitude=1., mean=0, stddev=1.)
    #fit_g = fitting.LevMarLSQFitter()
    #spl = fit_g(g_init, x, y[i])
    moky.append(spl(uusix))


#fig, ax = plt.subplots()
#fig= plt.figure(figsize=(12, 10))
fig, ax = plt.subplots()
fig = plt.gcf()
if(automatik==1):
	fig.set_size_inches(13, 5.3)
	fig.set_dpi(80)
## dpi=80
#ax.patch.set_facecolor('#3f3f3f')
ax.patch.set_facecolor('darkred')

handles, labels = ax.get_legend_handles_labels()

ax.legend(varjy, legs,loc='right')

plt.title(caption,  fontsize=captionfontsize)
ax.set_xlabel(xlabel, fontsize=xlabelfontsize)
ax.set_ylabel(ylabel, color='#004000', fontsize=ylabelfontsize)

# We change the fontsize of minor ticks label 
ax.tick_params(axis='both', which='major', labelsize=tickfontsize)
ax.tick_params(axis='both', which='minor', labelsize=tickfontsize)

if(drawstyle==0):
   ax.stackplot(x, prosentit2, colors=colorado)

if(drawstyle==1):   
   ax.stackplot(uusix, moky, colors=colorado)
ax.set_ylim([0,100])
print("XLIM",alkut)
ax.set_xlim([alkut, lopput])
start, end = ax.get_xlim()
ax.xaxis.set_ticks(np.arange(start, end, tstep))

ax.xaxis.set_minor_locator(AutoMinorLocator())

plt.gca().invert_xaxis()
#fig.patch.set_facecolor('black')

plt.show()

fig.savefig(outfilename, format='svg', dpi=80)

return

global automatik
#infiili="berelekh2_p15.txt"
indata = np.genfromtxt(infiili, delimiter=';', dtype=None)
muoto=np.shape(indata)
rowis=muoto[0]
colis=muoto[1]

data=np.zeros((rowis, colis))
data2=np.zeros((rowis-1, colis-1))
agezi=np.zeros(rowis-1)

for i in range(1,rowis):
     for j in range(0,colis):
           data[i-1][j]=np.float(indata[i][j])

ii=0
for i in range(0,rowis-1):
     for j in range(1,colis):
           data2[ii][j-1]= data[i][j]
     ii=ii+1

for i in range(0,rowis-1):
     agezi[i]=data[i][0]

#print data2[0]

#print agezi

rowis=rowis-1

pdata=data.transpose()
pdata[0][rowis]=pdata[0][rowis-1]
pdata[1][rowis]=pdata[1][rowis-1]

takki=[]
plants=[]
#varjy=[]

for i in range(1,colis):
    takki.append(pdata[i])
    lant0=indata[0][i]
    # filter accented e out
    #lant2=lant.replace(b'\x0e','e')
    lant1=str(lant0)
    lant2=lant1[1:]
    lant3=lant2.replace("'","")
    lant4=lant3.replace('"',"")
    plants.append(lant4)
    #varjy.append(mpatches.Patch(color=colorado[i-1]) )

##################
## adjust auto

agemin=99999999999999
agemax=-99999999999990

for i in range(1,rowis):
    if(agemin>agezi[i]):
        agemin=agezi[i]
    if(agemax<agezi[i]):
        agemax=agezi[i]

maara=agemax-agemin

loki1=math.floor(math.log10(maara))
loki2=loki1-1

jaos1=math.pow(10, loki1)

k1=int(agemin/jaos1)*jaos1
k2=int(agemax/jaos1)*jaos1+jaos1

aikaalku=int(k1)

aikaloppu=agemax
askel=int(jaos1)

#for t in range(aikaalku, aikaloppu, askel):

if (alkut==0):
  if (lopput==0):
    if (tstep==0):
       alkut=aikaalku
       lopput=aikaloppu
       tstep=askel

if (alkut==0):
  if (lopput==0):
    if (tstep!=0):
       alkut=aikaalku
       lopput=aikaloppu
       #tstep=askel

# jn debug warning
print("IS")
print(automatik)
if(automatik==1):
	print("AUTOMATIK")
	minit=int(maara/1000)
	minit2=minit*250
	alkut=alkut-minit2
	print(alkut)
#print alkut, lopput, tstep

#print (plants)

kounts=data2.T;

#caption="Killeak"
#drawstyle=1

stackplot_spline_drawer(outfiili, agezi, kounts, plants, caption, xlabel, ylabel, alkut, lopput, tstep, drawstyle)

return

  print ("Sample usage python pypol1 -i berelekh_p15.txt -o berelekh_pollen_diagram.csv -c \"Pollen diagram of Berelekh\" ");
  print ("All options:");
  print ("-i inpuffile");
  print ("-o outputfile");
  print ("-c \"Caption\"");
  print ("-xl \"Xlabel\"");
  print ( "-yl \"Ylabel\"");
  print ( "-tb begintime");
  print ( "-te endtime ");
  print ( "-ts timestep ");
  print ( "-p palettefile UNDER DEV ");
  print ( "-h  this help ");
  print ( "-ds drawstyle 0 normal, 1 spline");
  return(0)

  optiot(sys.argv[1:])

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