File:Meerfelder Maar late glacial pollen diagram ca 14600-10500.svg
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Summary
[edit]DescriptionMeerfelder Maar late glacial pollen diagram ca 14600-10500.svg |
English: 15 most abundant pollen types of Meerfelder Maar during late glacial time period. Cold Younger Dryas is seen ca 12600-11600 BP. |
Date | |
Source | Own work |
Author | Merikanto |
Camera location | 50° 06′ 00″ N, 6° 45′ 00″ E ![]() | View this and other nearby images on: OpenStreetMap | ![]() |
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Source of this data is European pollen database, site MFM6T
Litt, Thomas (2010): Pollen profile MFM6T, Meerfelder Maar, Germany. European Pollen Database (EPD), doi:10.1594/PANGAEA.739535
https://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.739535
Complete name : Meerfelder Maar Acronym : MFM6T Country : Germany
Source of the data : Litt Thomas Latitude : 50°6'0" N Longitude : 6°45'0" E Elevation : 336m
http://www.europeanpollendatabase.net/fpd-epd/showData.do?sigle=MFM6T
References :
Litt, T., and M. Stebich. 1999. Bio- and chronostratigraphy of the lateglacial in the Eifel region, Germany. Quaternary International 61:5-16. Stebich, M. 1999. Palynologische Untersuchungen zur Vegetations-geschichte des Weichsel-Spätglazial und Frühholozän an jährlich geschichteten Sedimenten des Meerfelder Maares (Eifel). Dissertationes Botanicae 320, Bornträger, Berlin, Stuttgart. Brauer, A., T. Litt, J.F.W. Negendank, and B. Zolitschka. 2001. Lateglacial varve chronology and biostratigraphy of lakes Holzmaar and Meerfelder Maar, Germany. Boreas, Vol. 30:83-88. Brauer, A., C. Günter, S.J. Johnsen, and J.F.W. Negendank. 2000. Land-ice teleconnections of cold climatic periods during the last Glacial/Interglacial transition. Climate Dynamics (2000) 16:229-239.
Processed data to draw this diagram
Age_BP;Corylus;Betula;Pinus;Juniperus;Salix;Cyperaceae;Gramineae;Artemisia;Helianthemum;Thalictrum;Filicopsida monolete;Compositae s. Asteroideae;Filipendula;Pediastrum;Potamogeton;Others
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13890;0;153;9;34;206;33;127;131;0;38;0;7;2;86;2;62.0
13900;0;78;3;49;150;11;164;94;5;15;0;9;2;13;1;71.0
13910;0;143;5;42;121;31;129;101;5;14;1;6;2;61;1;34.0
13930;0;206;5;72;197;24;126;88;12;19;0;8;1;26;1;69.0
13940;0;111;8;42;122;36;172;93;8;20;0;7;0;30;0;78.0
13960;0;110;6;42;98;23;155;115;1;20;1;6;0;21;0;55.0
13970;1;63;4;42;118;27;165;100;6;21;0;8;0;25;2;50.0
13990;0;105;6;60;150;37;133;83;2;16;0;5;0;16;5;44.0
14000;0;93;3;29;106;29;200;114;12;28;0;6;2;16;2;58.0
14020;0;70;1;10;74;31;132;172;2;28;0;4;1;6;0;77.0
14028;0;60;14;68;110;23;202;115;2;20;0;6;1;9;5;72.0
14038;1;85;3;58;92;31;225;95;10;22;0;6;1;15;5;71.0
14048;0;71;10;28;65;38;175;98;3;17;1;8;2;7;2;53.0
14058;1;79;10;47;89;45;232;102;3;10;0;6;1;1;0;71.0
14068;0;81;7;65;98;46;300;77;6;15;0;3;0;7;3;86.0
14078;0;74;5;38;117;32;224;94;5;16;0;9;0;17;5;102.0
14088;2;120;6;88;99;26;180;70;4;22;0;7;0;34;5;92.0
14098;0;95;6;40;140;43;162;88;2;7;0;14;2;39;3;97.0
14108;0;37;9;40;58;29;253;47;13;27;2;15;0;52;0;80.0
14118;1;36;7;41;57;40;300;41;7;32;0;14;1;40;10;99.0
14128;1;57;7;23;50;39;253;38;10;29;0;14;0;57;4;118.0
14138;1;57;4;49;31;45;248;46;6;28;3;8;0;56;11;105.0
14148;0;68;9;35;39;56;250;39;9;37;0;15;1;94;14;108.0
14158;0;42;6;42;32;45;300;52;9;19;0;14;1;44;18;120.0
14168;0;73;4;23;33;38;300;32;13;17;0;6;0;61;2;94.0
14178;1;114;10;55;54;61;217;31;18;22;0;4;0;192;3;78.0
14188;0;83;15;46;64;64;259;41;13;43;1;2;1;341;9;104.0
14198;0;76;8;3;32;38;251;35;12;20;0;15;0;130;5;92.0
14208;0;56;7;29;28;46;300;17;3;6;0;16;0;62;3;95.0
14218;1;59;13;34;35;49;282;27;7;6;0;10;0;78;2;101.0
14228;1;63;9;23;50;56;300;23;5;10;0;18;0;67;5;88.0
14238;1;44;9;11;39;59;250;26;3;7;0;21;0;66;4;109.0
14248;0;42;7;14;36;54;267;27;9;7;0;36;0;41;0;96.0
14258;0;36;3;23;26;57;300;20;2;8;1;11;0;133;6;91.0
14268;1;61;10;24;53;57;300;58;15;13;1;10;2;123;9;80.0
14278;1;66;5;18;28;39;300;27;14;16;0;4;1;165;2;64.0
14288;0;70;8;28;32;59;300;30;21;6;0;9;0;146;9;57.0
14298;0;65;6;10;30;36;318;25;20;7;0;9;2;116;19;68.0
14308;0;64;23;14;57;62;300;18;4;7;0;8;0;254;13;65.0
14343;0;90;10;8;42;36;300;38;23;12;0;6;0;148;5;67.0
14353;0;107;13;11;28;30;295;68;11;7;0;7;0;74;12;81.0
14363;0;61;9;10;11;46;320;36;8;6;2;11;1;9;10;51.0
14373;0;84;14;3;17;37;285;38;10;8;1;7;0;9;11;54.0
14383;0;59;19;18;12;51;300;38;12;8;1;12;0;5;24;81.0
14393;0;53;12;7;8;36;350;32;23;4;1;8;0;2;6;63.0
14403;0;42;34;12;14;77;250;28;30;4;0;7;1;13;11;64.0
14413;0;82;24;8;11;64;300;14;11;7;2;15;0;5;6;59.0
14422;1;29;31;5;10;53;280;56;19;8;0;17;0;12;0;61.0
14428;0;56;40;11;10;78;300;28;21;3;0;3;0;1;1;68.0
14434;1;46;38;0;5;64;300;28;21;3;1;8;1;4;0;60.0
14440;0;39;44;1;7;87;223;17;5;6;3;3;0;8;0;39.0
14446;1;15;11;0;4;23;187;31;11;1;1;1;0;2;0;21.0
14464;0;10;23;0;4;35;95;15;4;2;0;0;0;4;0;44.0
14482;7;34;73;0;1;82;224;39;19;5;0;4;0;3;0;72.0
14488;0;29;41;1;3;83;284;28;14;5;0;10;0;4;0;57.0
14500;2;31;41;1;3;68;208;41;20;11;3;12;0;3;0;57.0
14506;2;18;40;0;6;92;259;32;31;5;1;6;0;2;0;46.0
14512;5;30;34;0;6;110;239;39;30;7;3;5;0;8;0;54.0
14518;0;30;50;2;9;83;210;66;35;10;1;9;0;5;0;56.0
14524;4;27;45;1;7;80;246;54;36;5;0;9;0;2;0;52.0
14530;9;23;43;0;5;55;195;54;47;2;0;12;0;6;0;64.0
14536;1;26;43;1;4;60;260;32;23;4;2;4;0;2;0;67.0
14542;1;20;45;0;5;54;157;17;19;1;2;3;0;6;0;50.0
14548;1;15;62;1;10;102;215;21;27;1;1;3;0;4;0;49.0
14560;10;17;18;1;4;54;171;20;22;7;1;7;1;8;0;48.0
14566;5;29;42;2;6;76;246;34;18;4;0;4;1;4;0;57.0
14572;3;32;61;0;12;113;194;35;17;6;0;9;0;13;0;59.0
14578;1;18;45;1;2;80;220;38;33;2;0;3;0;3;0;49.0
14584;3;27;41;4;5;69;252;50;31;2;2;7;0;7;0;72.0
14590;0;27;70;0;10;76;234;26;25;5;1;3;0;3;0;63.0
14596;3;10;67;1;11;87;178;23;22;6;0;6;0;4;0;55.0
14602;2;15;55;0;9;69;178;22;14;2;0;5;0;5;1;56.0
14608;1;10;85;1;5;59;163;13;17;3;2;12;0;14;0;61.0
14614;2;15;98;0;5;90;196;35;26;12;2;14;2;9;0;76.0
14620;2;14;78;0;2;111;222;17;58;4;6;6;2;10;0;43.0
14626;3;11;61;0;3;83;163;15;30;3;1;4;2;6;0;53.0
14632;1;16;80;1;4;77;232;15;20;5;5;5;1;13;0;64.0
14638;1;24;70;0;5;88;246;39;20;9;0;4;0;3;0;47.0
14644;3;23;72;0;7;150;250;48;16;9;0;4;0;12;0;51.0
14650;0;11;51;2;5;146;232;39;20;4;1;7;0;10;0;50.0
Python code to draw this diagram
run code with
python pollen1.py -i meerfelder_maar.csv -c Meerfelder_Maar -p maar_pal.txt -tb 9500 -te 14700 -ts 500
Palette:
palette
- 339933
- 336633
- 008000
- 00F000
- 00a000
- 8F8F00
- ffff00
- 804000
- FF8080
- 8000F0
red
orange
yellow
- 7777ff
blue
violet
grey
darkred
- 00007F
- 336633
- 008000
- 00F000
- FFFF00
- FFFF80
- 800000
- 8000F0
Code:
- Python 3 pollen data stacked percent plot, 15 taxa
-
- sample usage:
- python pollen1.py -i meerfelder_maar.csv -c Meerfelder_Maar -p maar_pal.txt -tb 9500 -te 14700 -ts 500
-
- python3 matplotlib ; separated csv pollen 15 taxas area diagram plot
-
- 2021.12.06. v 0008.0000
import numpy as np
import scipy as sp
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.patches as mpatches
from matplotlib.ticker import (MultipleLocator, AutoMinorLocator)
from matplotlib import colors
from scipy.interpolate import UnivariateSpline
from scipy.interpolate import pchip
- from astropy.modeling import models, fitting
import sys, getopt
import math
from unidecode import unidecode
- attempt to autoresize window
automatik=0
- default palette ...
pallette=['#339999','#336633','#008000','#00F000', '#00a000',
'#8F8F00','#ffff00',
'#804000','#FF8080', '#8000F0',
'red', 'orange','yellow','#7777ff',
'blue', 'violet', 'grey', 'darkred',
'#00007F','#336633','#008000','#00F000',
'#FFFF00','#FFFF80','#800000', '#8000F0',
'red', 'orange','yellow','green',
'blue', 'violet', 'grey', 'darkred']
def stackplot_spline_drawer(outfilename, x, yorig, legs, caption, xlabel, ylabel, alkut, lopput, tstep, drawstyle):
global pallette
global automatik
captionfontsize=22
xlabelfontsize=16
ylabelfontsize=16
tickfontsize=15
# color palette, only 15 items
colorado=pallette
print(colorado)
print (type(colorado[2]))
#quit(-1)
pitu=len(yorig[0])
mara=len(yorig)
summat=[]
for j in range(0,pitu):
summa=0
for i in range(0,mara):
summa=summa+yorig[i][j]
summat.append(summa)
prosentit=[]
for i in range(0,mara):
for j in range(0,pitu):
luku=yorig[i][j]
prosentti=(luku*100)/summat[j]
#print j, luku, prosentti
prosentit.append(prosentti)
#prosentit.append(105)
prosentit2=np.reshape(prosentit, (mara, -1))
y=[]
for i in range(0,mara):
#y.append(yorig[i])
y.append(prosentit2[i])
varjy=[]
legs2=[]
for i in range(0,len(legs)):
varjy.append(mpatches.Patch(color=colorado[i]) )
legs2.append(legs[i])
uusix=np.linspace(x[0],x[len(x)-1],500);
#for i in range(0,1):
# print(y[i])
moky=[]
for i in range(0,mara):
spl = pchip(x, y[i])
#g_init = models.Gaussian1D(amplitude=1., mean=0, stddev=1.)
#fit_g = fitting.LevMarLSQFitter()
#spl = fit_g(g_init, x, y[i])
moky.append(spl(uusix))
#fig, ax = plt.subplots()
#fig= plt.figure(figsize=(12, 10))
fig, ax = plt.subplots()
fig = plt.gcf()
if(automatik==1):
fig.set_size_inches(13, 5.3)
fig.set_dpi(80)
## dpi=80
#ax.patch.set_facecolor('#3f3f3f')
ax.patch.set_facecolor('darkred')
handles, labels = ax.get_legend_handles_labels()
- ax.legend(varjy, legs2,loc='center left', bbox_to_anchor=(1.05, 0.5), fontsize=16)
- ax.legend(varjy, legs2,loc='center right')
ax.legend(varjy, legs,loc='right')
plt.title(caption, fontsize=captionfontsize)
ax.set_xlabel(xlabel, fontsize=xlabelfontsize)
ax.set_ylabel(ylabel, color='#004000', fontsize=ylabelfontsize)
# We change the fontsize of minor ticks label
ax.tick_params(axis='both', which='major', labelsize=tickfontsize)
ax.tick_params(axis='both', which='minor', labelsize=tickfontsize)
- ax.yaxis.set_ticks(np.arange(0, 100, 10))
if(drawstyle==0):
ax.stackplot(x, prosentit2, colors=colorado)
if(drawstyle==1):
ax.stackplot(uusix, moky, colors=colorado)
ax.set_ylim([0,100])
print("XLIM",alkut)
ax.set_xlim([alkut, lopput])
start, end = ax.get_xlim()
ax.xaxis.set_ticks(np.arange(start, end, tstep))
ax.xaxis.set_minor_locator(AutoMinorLocator())
plt.gca().invert_xaxis()
#fig.patch.set_facecolor('black')
plt.show()
fig.savefig(outfilename, format='svg', dpi=80)
return
def draw_pollen_plot(infiili, outfiili, caption, xlabel, ylabel, alkut, lopput, tstep, drawstyle):
global automatik
#infiili="berelekh2_p15.txt"
indata = np.genfromtxt(infiili, delimiter=';', dtype=None)
muoto=np.shape(indata)
rowis=muoto[0]
colis=muoto[1]
data=np.zeros((rowis, colis))
data2=np.zeros((rowis-1, colis-1))
agezi=np.zeros(rowis-1)
for i in range(1,rowis):
for j in range(0,colis):
data[i-1][j]=np.float(indata[i][j])
ii=0
for i in range(0,rowis-1):
for j in range(1,colis):
data2[ii][j-1]= data[i][j]
ii=ii+1
for i in range(0,rowis-1):
agezi[i]=data[i][0]
#print data2[0]
#print agezi
rowis=rowis-1
pdata=data.transpose()
pdata[0][rowis]=pdata[0][rowis-1]
pdata[1][rowis]=pdata[1][rowis-1]
takki=[]
plants=[]
#varjy=[]
for i in range(1,colis):
takki.append(pdata[i])
lant0=indata[0][i]
# filter accented e out
#lant2=lant.replace(b'\x0e','e')
lant1=str(lant0)
lant2=lant1[1:]
lant3=lant2.replace("'","")
lant4=lant3.replace('"',"")
plants.append(lant4)
#varjy.append(mpatches.Patch(color=colorado[i-1]) )
##################
## adjust auto
agemin=99999999999999
agemax=-99999999999990
for i in range(1,rowis):
if(agemin>agezi[i]):
agemin=agezi[i]
if(agemax<agezi[i]):
agemax=agezi[i]
maara=agemax-agemin
loki1=math.floor(math.log10(maara))
loki2=loki1-1
jaos1=math.pow(10, loki1)
k1=int(agemin/jaos1)*jaos1
k2=int(agemax/jaos1)*jaos1+jaos1
aikaalku=int(k1)
- aikaloppu=int(k2)
aikaloppu=agemax
askel=int(jaos1)
#for t in range(aikaalku, aikaloppu, askel):
if (alkut==0):
if (lopput==0):
if (tstep==0):
alkut=aikaalku
lopput=aikaloppu
tstep=askel
if (alkut==0):
if (lopput==0):
if (tstep!=0):
alkut=aikaalku
lopput=aikaloppu
#tstep=askel
# jn debug warning
print("IS")
print(automatik)
if(automatik==1):
print("AUTOMATIK")
minit=int(maara/1000)
minit2=minit*250
alkut=alkut-minit2
print(alkut)
#print alkut, lopput, tstep
- print agemin
- print agemax
#print (plants)
kounts=data2.T;
#caption="Killeak"
#drawstyle=1
stackplot_spline_drawer(outfiili, agezi, kounts, plants, caption, xlabel, ylabel, alkut, lopput, tstep, drawstyle)
return
def usage():
print ("Sample usage python pypol1 -i berelekh_p15.txt -o berelekh_pollen_diagram.csv -c \"Pollen diagram of Berelekh\" ");
print ("All options:");
print ("-i inpuffile");
print ("-o outputfile");
print ("-c \"Caption\"");
print ("-xl \"Xlabel\"");
print ( "-yl \"Ylabel\"");
print ( "-tb begintime");
print ( "-te endtime ");
print ( "-ts timestep ");
print ( "-p palettefile UNDER DEV ");
print ( "-h this help ");
print ( "-ds drawstyle 0 normal, 1 spline");
return(0)
def optiot(argut):
global pallette
global automatik
inputfile="in.txt"
outputfile="out.svg"
caption="Pollen diagram"
xlabel="Age BP"
ylabel="Percent of pollen count"
timebegin=0
timeend=0
timestep=0
drawstyle=0
automatik=0
palettefilename="palette.csv"
pitu=len(argut)
if(pitu==0):
print ("No args.")
usage()
return(-1)
if(pitu>0):
parametri=argut[0]
#print parametri
inputfile=parametri;
ifi= inputfile.split('.', 1 )
outputfile=ifi[0]+".svg"
ifi2= inputfile.split('_', 1 )
caption0=ifi2[0]
caption1=caption0[0].upper()
caption2=caption0[1:]
caption=caption1+caption2
#return(0)
for n in range(0, pitu-1):
optio=argut[n]
parametri=argut[n+1]
if(optio=="-h"):
usage()
if(optio=="--help"):
usage()
if(optio=="-i"):
inputfile=parametri;
ifi= inputfile.split('.', 1 )
outputfile=ifi[0]+".svg"
ifi2= inputfile.split('_', 1 )
caption0=ifi2[0]
caption1=caption0[0].upper()
caption2=caption0[1:]
caption=caption1+caption2
caption=caption.replace('_',' ')
if(optio=="-o"):
outputfile=parametri;
if(optio=="-c"):
caption=parametri;
caption=caption.replace('_',' ')
print(caption)
if(optio=="-xl"):
xlabel=parametri;
if(optio=="-yl"):
ylabel=parametri;
if(optio=="-tb"):
timebegin=int(parametri);
timestep=2000
if(optio=="-te"):
timeend=int(parametri);
timestep=math.pow(10, (int(math.floor(math.log10(timeend-timebegin)))) )/2
if(optio=="-ts"):
timestep=int(parametri);
if(optio=="-ds"):
drawstyle=int(parametri);
if(optio=="-p"):
palettefilename=parametri
print("Reading palette : ",palettefilename)
palette00=pd.read_csv(palettefilename)
#print(palette)
#pallette=palette.astype(str).values.tolist()
palette1=palette00.astype(str).values.tolist()
palette2=np.array(palette1).ravel()
palette3=palette2.astype(str).tolist()
pallette=palette3
#print(palette2)
#quit(-1)
if(optio=="-a"):
print("Set auto")
automatik=int(parametri);
print ("Options:")
print (inputfile)
print (outputfile)
print (caption)
print (xlabel)
print (ylabel)
print (timebegin)
print (timeend)
print (timestep)
print (drawstyle)
print (palettefilename)
#quit(-1)
draw_pollen_plot(inputfile, outputfile, caption, xlabel, ylabel, timebegin, timeend, timestep, drawstyle)
return 0
- programmi entry point
if __name__ == "__main__":
optiot(sys.argv[1:])
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current | 10:35, 6 December 2021 | ![]() | 1,401 × 488 (228 KB) | Merikanto (talk | contribs) | code |
18:40, 4 December 2021 | ![]() | 1,410 × 432 (218 KB) | Merikanto (talk | contribs) | Update | |
15:21, 3 December 2021 | ![]() | 1,055 × 432 (218 KB) | Merikanto (talk | contribs) | Update | |
15:07, 3 December 2021 | ![]() | 1,145 × 432 (202 KB) | Merikanto (talk | contribs) | update of layout code | |
19:50, 16 February 2017 | ![]() | 1,339 × 595 (436 KB) | Merikanto (talk | contribs) | Correction of data | |
19:37, 16 February 2017 | ![]() | 948 × 463 (434 KB) | Merikanto (talk | contribs) | User created page with UploadWizard |
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