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A Igreja da Misericórdia é uma construção dos meados do século XVI (1559) e conta com a assinatura do arquitecto da casa real Miguel Arruda. É um exemplar perfeito de igreja-salão, de três naves, todas à mesma altura, com abóbadas de nervuras cruzadas, iluminadas por seis janelas rectangulares e sustentadas por dez colunas toscanas, todas elas decoradas com ornatos brutescos, elementos que criam a espacialidade rasgada e conferem monumentalidade ao conjunto. A obra decorreu por empenhamento da rainha D. Catarina, regente pelo seu neto D. Sebastião, desde 1559 até 1606. No interior conserva-se uma sepultura rasa, epigrafada, de Nuno Velho Pereira (…-1609), uma das personalidades mais significativas da época da expansão portuguesa no mundo, capitão da Índia e patrocinador da Santa Casa da Misericórdia. Com o terramoto de 1755 perdeu-se a primitiva fachada da Igreja. Esta foi substituída por outra barroca. Tutela da Santa Casa da Misericórdia de Santarém.

O Órgão de Tubos instalado na Igreja da Misericórdia foi originalmente assente no coro alto do lado do Evangelho, com colocação lateral. Com o restauro, em 2008 pelo mestre Dinarte Machado, colocou-se ao centro do mesmo coro, em posição frontal para o altar.