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Obra-prima do Barroco, a Casa da Livraria foi edificada sob o patrocínio de D João V, adotando a designação de Biblioteca Joanina em homenagem ao seu patrono. Construída de modo a exaltar o monarca e a riqueza do império, nomeadamente da provinda do Brasil, esta biblioteca é, para além de uma esplendorosa combinação de materiais exóticos, um verdadeiro cofre forte de livros. Concebida como um paralelepípedo disposto em altura para vencer a diferença de cota, encostado à cabeceira da Capela, abre para o pátio o piso principal correspondente às salas nobres, a que se acede por um portal monumental, como um arco de triunfo, ladeado de colunas jónicas e dominado por um magnífico escudo real. No interior aguarda o visitante uma sucessão de três salas comunicantes que, sabiamente, conduzem o olhar do visitante para o retrato do patrono, D. João V, da autoria do pintor saboiano Domenico Duprà. O interior, realizado por Manuel da Silva ao longo de 40 meses, é integralmente revestido por estantes forradas a folha de ouro e decoradas com motivos chineses, que estabelecem uma interessante relação cromática com os fundos pintados a verde, vermelho e negro. Em contraste com o pavimento em pedra calcária cinzenta e branca ressaltam os coloridos tetos decorados com alegorias dedicadas ao triunfo da Universidade. Dotada de exemplares das mais raras coleções bibliográficas, a Biblioteca Joanina apresenta um acervo de coleções dos sécs. XVI, XVII e XVIII que representam o que de melhor se produzia na Europa culta do seu tempo. A morfologia arquitetónica da Biblioteca garante um ambiente perfeitamente estável ao longo de todo o ano e assegura a perfeita conservação do acervo. Para tal, muito contribuem as paredes com cerca de dois metros de espessura. A porta deste “cofre” é feita em madeira de teca, permitindo manter a temperatura constante entre os 18 e os 20ºC. Para ajudar a manter o ambiente estável, também os níveis de humidade relativa se fixam nos 60%, em muito conseguidos pelo facto de o interior da biblioteca estar revestido a madeira. A preservação dos livros é a preocupação fundamental. Para além dos fatores de degradação, das diferenças de humidade e temperatura, existe toda uma variedade de insetos bibliófagos que merecem uma atenção e controlo constantes. Como elementos de proteção contra estes inimigos, a Biblioteca Joanina contam com robustas estantes feitas de madeira de carvalho. Esta madeira, para além de ser muito densa, o que dificulta a penetração destes parasitas, emana igualmente um odor que funciona como repelente para este tipo de insetos. Os livros contam ainda com mais um aliado neste combate diário pela conservação; com efeito, no interior da biblioteca, habita uma colónia de morcegos, que, durante a noite, se vai alimentando dos diversos insetos que por aqui aparecem, mantendo, portanto, todos estes volumes a salvo do seu ataque. Naturalmente que a presença destes mamíferos requer um cuidado adicional para prevenir qualquer dano causado pelos dejetos sobretudo nas madeiras das magníficas mesas: todos os dias, ao fechar da biblioteca, as mesmas são resguardadas com toalhas de couro.