File:Bandeira do EMCFA atual.svg

Português: Originalmente criada pela Portaria Nº 377/MD, de 3 de março de 2011, mas que foi atualizada pela PORTARIA GM-MD N° 2.279, DE 20 DE MAIO DE 2021, que "dispõe sobre o Brasão e o Estandarte do Estado-Maior Conjunto das Forças Armadas (EMCFA), e da Bandeira-Insígnia do Chefe do Estado-Maior Conjunto das Forças Armadas (CEMCFA), e dá outras providências".

O mesmo documento de criação assim descreve a vexilologia da bandeira:

Forma retangular, tipo bandeira universal, isto é, a dimensão do lado maior é uma vez e meia a do lado menor; franjada em ouro; filete amarelo, representando o Ministério da Defesa; campo terciado em faixas: a partição central branca, em chefe verde-oliva e em contrachefe azul, cores alusivas, respectivamente, à Marinha do Brasil, ao Exército Brasileiro e à Força Aérea Brasileira; em abismo e em brocante, o Brasão do EMCFA; encimando o Brasão, em arco e com caracteres em ouro, o dístico "ESTADO-MAIOR CONJUNTO DAS FORÇAS ARMADAS". O Laço Militar é composto por 2 (duas) fitas nas cores amarela, verde, branca e azul, franjadas em ouro , carregadas com as inscrições "MINISTÉRIO DA DEFESA" e "EMCFA", em caracteres em ouro e 2 (duas) fitas adicionais, na cor amarela, franjadas em ouro, com as inscrições "ESTADO-MAIOR DAS FORÇAS ARMADAS 1948-1999" e "ESTADO-MAIOR DE DEFESA 1999-2010", em caracteres na cor preta, evocativas aos Órgãos que antecederam o EMCFA.