File:Γραμμή επεξεργασίας RNA-seq που χρησιμοποιείται για τη δημιουργία δεδομένων.png

Ελληνικά: Σε αυτόν τον “αγωγό” οι ακατέργαστες αναγνώσεις (αρχεία FASTQ) υποβάλλονται σε αξιολόγηση ποιότητας και φιλτράρισμα. Οι ποιοτικά φιλτραρισμένες αναγνώσεις ευθυγραμμίζονται με το γονιδίωμα αναφοράς μέσω του HISAT2. Οι χαρτογραφημένες αναγνώσεις συνοψίζονται και συγκεντρώνονται σε γονίδια μέσω HTSeq. Για τη βασική έκφραση, τα FPKM υπολογίζονται από τις πρωτογενείς μετρήσεις από το iRAP. Αυτές υπολογίζονται κατά μέσο όρο για κάθε σύνολο τεχνικών αντιγράφων και, στη συνέχεια, κανονικοποιούνται τα ποσοστά εντός κάθε συνόλου βιολογικών αντιγράφων. Τέλος, υπολογίζεται ο μέσος όρος για όλα τα βιολογικά αντίγραφα (εάν υπάρχουν). Για τη διαφορική έκφραση, τα γονίδια που εκφράζονται διαφορετικά μεταξύ του τεστ και των ομάδων αναφοράς κάθε ζεύγους αντίθεσης ταυτοποιούνται.